Milli Şuranın yaradılmasından bir neçə gün keçməsinə baxmayaraq, bu birlik ətrafında mübahisələr davam edir. Müzakirə və fikir ayrılıqları Milli Şuranın bəyannaməsində Avroatlantik məkana inteqrasiya barədə müddəanın yer alması ilə bağlıdır. Müsavat Partiyasının Mərkəzi İcra Aparatının rəhbəri Arif Hacılının sözlərinə görə, təmsil etdiyi təşkilat üçün bu məsələ prinsipialdır: "Azərbacanda milli təhlükəsizlik məsələsi məhz Avroatlantik məkanda həll olunmalıdır. Bu, Müsavat Partiyası üçün prinsipial məsələdir. Azərbaycanda açıq plüralist cəmiyyət olması istəyindəyik, bunun üçündə hər hansı bir siyasət yürüdüləcəksə və hər hansı bir qurumda Azərbaycanın mənafeləri yox, bir dövlətin mənafeləri əsas götürüləcəksə, təbii ki, bizim belə qurumda fəaliyətimiz qeyri mümkündür?. Bundan əlavə Arif Hacılı deyir ki, Milli Şuraya demokratik dəyərlərə layiq olmayan insanlar üzv olacağı halda partiya bu qurumda iştirak etməyəcək. Milli Şuranın yaradılması məsələsinə Prezident Administrasiyasının İctimai-Siyasi Şöbəsinin müdiri Əli Həsənov də münasibət bildirib: ?Müxalifət hakimiyyətə gəlmək üçün istənilən qüvvələrlə əməkdaşlığa hazırdır. Müxalifət milli maraqlardan uzaqlaşıb. Məhz bu səbəbdən onlar xalqın dəstəyini qazana bilmir və nəzərlərini xarici anti-Azərbaycan dairələrinin dəstəyinə yönəldib?. Xatırladaq ki, mayın 28-də elan edilən Milli Şuranın məqsədi qarşıdan gələn prezident seçkilərində iştirakdır.